El equipo filial fue fundado en 1994, comenzó en categorías regionales hasta que en la temporada 1998/99 debutó en Tercera División, en la segunda temporada en Tercera División consiguieron el ascenso a Segunda División B donde permanecieron 2 temporadas, en la vuelta a Tercera División permanecieron en esta categoría hasta la temporada 2011/12, en la siguiente temporada se decidió que el equipo no compitiera con el objetivo de cumplir la política de déficit cero del club. El traspaso de Pedro Jaro al Real Madrid se compensó con la vuelta de Fernando Peralta desde el Sevilla F. C., fichaje que supuso un litigio por el impago del mismo que se unía a los problemas de la entidad con Hacienda. Tras permanecer tres temporadas en las que ganó una Liga, una Copa del Rey y una Supercopa de España, fue destituido el 20 de mayo de 2013 tras alcanzar un acuerdo de rescisión con la entidad merengue. Y es que desde 1995 los azulgrana no sumaban tres triunfos en el campo. Sin embargo cabe decir que el Eibar no es el club que suele tener audiencias televisivas más bajas, ya que durante la temporada 2015-16 tres equipos de Primera tuvieron cuotas de audiencia televisiva más bajas que las de la SD Eibar.
6285 espectadores. El estadio del Eibar es el de menor capacidad de la Primera División y solo hay tres con menor capacidad en Segunda División. José Ignacio Garmendia (30 goles en 36 partidos, temporada 1995-96, en Segunda División). José Ignacio Garmendia (22 goles en 28 partidos, temporada 1991-1992, en Segunda División). Más goles marcados en una sola temporada: Borja Bastón (18 goles en 36 partidos, temporada 2015-16, en Primera División). Manuel Almunia ( 19 goles en 34 partidos, temporada 2001-02, en Segunda División). Con el Alavés el Eibar ha coincido durante las últimas 20 temporadas hasta en 11 ocasiones en la misma categoría, tanto en Primera, como en Segunda y Segunda División B. Por cercanía entre Éibar y Vitoria (55km unidos por autopista) son muy habituales los desplazamientos entre aficiones. Hasta 1999 los encuentros eran emitidos por televisión en abierto para todo el país sin atender al carácter del evento. A partir de ese exitoso proceso de ampliación de capital, la SD Eibar pasó a tener más de 11.130 accionistas minoritarios, que están repartidos por 65 países del mundo. Ya no es visto por aficionados de Real y Athletic con tanta simpatía como antaño, ya que lo empiezan a percibir como un rival potencial; y por otro lado la ciudad de Éibar se está volcando totalmente con su equipo en Primera; aunque todavía no ha pasado suficiente tiempo con el Eibar en Primera compitiendo contra Real y Athletic en pie de igualdad, como para que las antiguas simpatías de los eibarreses con Real o Athletic hayan desaparecido totalmente.
De Éibar hacia San Sebastián predominan los aficionados de la Real, mientras que de Éibar hacia Bilbao es territorio de dominio absoluto del Athletic. Un dato a destacar es la progresión durante los 4 años que lleva en la Primera División. En la ciudad de Éibar, que pertenece a la provincia de Guipúzcoa, pero que está más cerca de Bilbao (48 km) que de San Sebastián (57 km), ambos equipos cuentan con numerosos simpatizantes, sin destacar claramente los de un equipo frente a los del otro; existiendo además cierta brecha generacional, las personas nacidas antes de la década de 1970 suelen ser generalmente del Athletic, mientras que en aquellos nacidos a partir de esos años suele haber más aficionados de la Real. Esta se debió principalmente a un incidente en la última jornada de la temporada 1996-97. Aquella temporada la Liga otorgaba una fuerte prima económica al equipo que se fuera a clasificar en cuarto lugar de la Segunda División.
También esta previsto que el equipo filial y el equipo femenino disputen sus partidos en la nueva Ciudad Deportiva una vez que ésta este terminada. En la última jornada el EIbar optaba a obtener esa cuarta plaza, pero un Osasuna, que no se jugaba a priori nada, le plantó cara fieramente y forzó un empate en Ipurúa dejando al Eibar sin ese dinero, muy importante para un equipo modesto y de bajo presupuesto como el Eibar. ↑ 1. El Eibar, el equipo de todo el mundo. A la par de esta «lealtad dividida» la ciudad de Éibar se caracterizaba por un apoyo y seguimiento muy importante al equipo local, la SD Eibar, que logró competir durante casi dos décadas consecutivas en Segunda División, luchando contra equipos de localidades mucho más grandes que Éibar y con presupuestos mucho mayores. Acarreando una deuda total de 2.429 millones de pesetas y numerosos compromisos económicos a corto plazo, el capital social de 970 millones de pesetas que el club tenía que cubrir para poder convertirse en Sociedad Anónima Deportiva se antojaba demasiado alto, no fructificando la comisión ciudadana que el Ayuntamiento de Málaga había conformado con empresarios locales para intentar salvar al club. Esto se explica porque la SD Eibar es el equipo de una pequeña ciudad, la más pequeña que nunca ha tenido un equipo en Primera División y un equipo modesto que tradicionalmente ha jugado en categorías inferiores.
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