Sin embargo, el equipo entraría en una fase irregular y, tras caer hasta el quinto puesto al encadenar 6 jornadas sin ganar, el técnico granadino fue destituido la noche del 3 de abril de 2012 tras ver peligrar el consejo del club el objetivo del ascenso a Primera División. Terminó el equipo almeriense la primera vuelta en tercera posición y con 38 puntos cosechados, sin embargo, la segunda vuelta fue algo más irregular y, como en la temporada anterior, en la fase final el equipo se mostró menos sólido y llegó a caer hasta la 5.ª posición apenas 5 partidos antes del final de liga. Sin embargo, la euforia de los aficionados indálicos pronto se convierte en preocupación al saltar la noticia de que el expresidente Alfonso García decide no renovar al entrenador Javi Gracia tras conseguir el ascenso con el club rojiblanco. Eibar el hoy expresidente Alfonso García decide despedir al entrenador Francisco Rodríguez de manera sorpresiva, estando incluso el equipo fuera de los puestos de descenso a segunda división, equipacion real sociedad 2022 y siendo el objetivo la permanencia. Tras el despido de Francisco Rodríguez toma el mando del primer equipo como entrenador interino Miguel Rivera Mora, quien dirige un único encuentro, tras el cual llega el entrenador Juan Ignacio Martínez que dirige al equipo durante 14 jornadas antes de ser también destituido para contratar al técnico barcelonés Sergi Barjuan, el cual a pesar de unos más que buenos nueve últimos partidos y un notable trabajo, no consigue la permanencia y se confirma el descenso de la U.D.
Cabe mencionar que en la última jornada, y a pesar de la victoria del Almería, el «Biscotto» protagonizado por R.C. A pesar de la llegada de algunos refuerzos de futbolistas jóvenes y prometedores, como por ejemplo Suso Fernández, (cedido por el Liverpool FC), el equipo parte con una base muy débil, ya que más de la mitad del equipo titular es la base del año anterior en segunda división. Se requiere desembolsar una cantidad de dinero mensualmente para verlo en la pantalla. Fue en concreto una cesión por un año, la cual hizo oficial el club almeriensista el día 5 de febrero de 2014, aunque sin embargo, Teerasil llegaría al conjunto de la Costa de Almería el día 9 de junio de ese mismo año. Este hecho lleva al equipo rojiblanco a no lograr la victoria durante las primeras 10 jornadas de liga, sin embargo, Francisco Rodríguez es capaz de enderezar la situación y finalmente logra la permanencia más épica de la historia del club, siendo calificada por algunos medios de comunicación como «salvación milagrosa». Sin embargo, Oltra fue destituido el 5 de abril de 2011, tras perder frente al Athletic por 1-3 en la jornada 30. El club, considerando que aún tenía posibilidades de permanencia, fichó como entrenador a Roberto Olabe, quien tiempo atrás fue director deportivo de la entidad rojiblanca.
Almería a segunda división en la última jornada frente al Valencia C.F.. Poco después del comienzo de la siguiente temporada, la 2020-21, Turki Al-Sheikh, ya recuperado de unos problemas de salud y en agradecimiento a todos los mensajes de apoyo recibidos desde Almería, decide el día 26 de noviembre de 2020 donar 200.000€ a la ciudad de Almería para comprar la vacuna contra el COVID-19. Almería al almeriense y hasta el momento entrenador del filial Francisco Rodríguez Vílchez, el que es unos de los jugadores más reconocibles e importantes de la historia del Almería, además de ser el 5.º máximo goleador histórico del conjunto almeriensista. Almería, se amplió el aforo con gradas supletorias adicionales llegando a alcanzar los algo más de 23.000 espectadores, manteniendo el estadio dicho aforo hasta la temporada temporada 2012-13, en la que se instalaron unas gradas supletorias para los fondos detrás de ambas porterías y sobre las pistas de atletismo con el fin de acercar a los espectadores al terreno de juego, quedando inoperativas las gradas originales de los fondos y, reduciéndose a 15.000 espectadores hasta principios de 2023, cuando se colocaron una gradas supletorias sobre las gradas originales de preferencia, ampliándose así a 16.503 espectadores en la actualidad.