El 11 de septiembre de 2001 el Real Mallorca hace historia y disputa su primer partido de Liga de Campeones de la UEFA en el estadio de Son Moix (actualmente Iberostar Estadio) donde venció 1-0 al Arsenal Football Club con gol de Vicente Engonga de penalti. Sabadell, Real Oviedo, Elche CF, Valencia CF y Real Sporting de Gijón, disputaron por primera vez, la final de la Copa del Rey ante el Atlético de Madrid con quienes cayeron en la prórroga, por 1-0, gol de Alfredo Santaelena en el minuto 111. La alineación en ese histórico día fue la siguiente: Ezzaki Badou, Serer, Pedro Del Campo, Esteve Fradera, Armando, Sala, Pedraza, Marcos, Paco Soler, Miguel Ángel Nadal y Hassan Nader. En concreto, la alineación del ascenso fue la siguiente: Kike, Olaizola, Marcelino, Barbero, David, José Manuel, Paco Soler, Lluís Carreras, Galca, Stankovic y Carlos. Fue en la promoción frente al Espanyol y fue el primer ascenso que tuvo lugar jugando el equipo en su casa. 29 de abril fue cesado y sustituido por Tomeu Llompart a falta de dos jornadas, con el equipo en plena lucha por la permanencia. El enfrentamiento que se llevará a cabo entre la Real Sociedad y el Getafe con motivo de la Jornada 28 de LaLiga Santander tendrá lugar el sábado 8 de abril a las 18:30, y podrá ser disfrutado en España a través de DAZN.
El 22 de agosto de 1998, consiguieron el primer título oficial de su historia (La Supercopa de España) al imponerse al Barça 0-1 en el Camp Nou (2-1 en Palma en el encuentro de ida). Partido 200: Levante U. D. 2-1 U.D. Al cabo de un año el equipo consigue el Subcampeonato de la Copa del Rey luego de haber sido derrotado frente al FC Barcelona en la tanda de penaltis después de concluir el partido y la prórroga con 1-1, jugando gran parte de ella con nueve jugadores. El club consigue clasificarse para la Champions League, después de eliminar en la prórroga al Hajduk Split. Durante la primera temporada del nuevo milenio, la 2000-01, el equipo estuvo comandado por mítico entrenador español Luis Aragonés, con el cual el equipo consigue la tercera posición dentro de la Primera División Española, con el récord de 71 puntos, por lo que consigue clasificarse para la temporada 2001-2002 de la Champions League. De esta forma, se clasifica por segunda vez para tomar parte en la Champions League. En la segunda parte entraron Obiku y Gálvez. De una parte está la Real Sociedad de Imanol Alguacil, que es tercera en Liga con 39 puntos, pero que enlaza dos choques seguidos sin ganar: ante Real Madrid y Real Valladolid.
Los resultados fueron un empate 0-0 en el Santiago Bernabéu y la victoria en casa por 2-1 contra el Valladolid, lo que permitió permanecer la sexta temporada consecutiva en Primera División. De los cinco años, dos quedó fuera de los puestos de ascenso directo y promoción (1994 y 1995) y otros dos jugó promociones sin suerte contra equipos de Primera División de entonces (como el Albacete Balompié en 1993 y Rayo Vallecano en 1996). En esos años brillaron jugadores como Juan Sánchez Moreno, Toni Prats o los balcánicos Vlada Stosic y Goran Milojevic. Ambos fueron fichados por equipos de Primera (Betis y Celta respectivamente). Así, para los equipos de élite, en 2021 los técnicos realistas tuvieron, por ejemplo, a casi 55.000 jugadores referenciados, de los cuales a 480 se les hizo un informe pormenorizado, para acabar fichando a tres para el primer equipo y otros tantos para el filial. De cara a la temporada 2009-10 el jugador francés fue ascendido al equipo filial del club, la Real Sociedad «B».
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