Durante la temporada 2002-2003, con Gregorio Manzano en el banquillo, el Real Mallorca ganó la Copa del Rey disputada en Elche ante el Recreativo de Huelva por un total de 3-0, con un gol de Walter Pandiani y dos de Samuel Eto’o. Esa misma temporada, y tras una gran remontada en la segunda vuelta, quedó 7.º, a las puertas de la clasificación para la Copa de la UEFA, con Dani Güiza como pichichi nacional con 27 tantos, galardonado además con la Bota de Plata del fútbol europeo y también consiguió ganar en estadios como el Camp Nou, Santiago Bernabéu, Mestalla, San Mamés o Sánchez Pijuán. El 27 de agosto de 2007 juró la constitución española obteniendo la doble nacionalidad y liberando así una plaza de extracomunitario en la plantilla azulgrana, permitiendo al club incorporar más uno jugador no-europeo. Tras un tiempo, esta situación desembocó en el regreso de Mateu Alemany a la presidencia del club. En la temporada 2005-2006, después del milagro de la permanencia, Mateu Alemany dejó la presidencia del club, ocupando su lugar Vicente Grande.
Tras el fracaso de la venta del equipo al empresario británico Paul Davidson, Vicente Grande dimitió de su cargo y el presidente pasó a ser Joaquín García. Se ha lesionado el ligamento cruzado y estará de baja durante 6-8 meses, por lo que es una ausencia muy grande en el frente de ataque. La permanencia se fraguó con dos victorias, una en el Vicente Calderón 0-1 contra el Atlético de Madrid y otra en casa ante el Valencia CF 2-1 a falta de dos jornadas para el final. En la temporada 2006-2007, Gregorio Manzano se ganó la continuidad en el banquillo y tras dos años coqueteando de manera peligrosa con el descenso, prometió que esta temporada no pasarían muchos apuros, objetivo que cumplió gracias a la buena planificación en pretemporada y a que el equipo consiguió la permanencia a falta de seis jornadas. 29 de abril fue cesado y sustituido por Tomeu Llompart a falta de dos jornadas, con el equipo en plena lucha por la permanencia. Hasta la última jornada, el equipo estuvo en la lucha por la cuarta y última plaza que daba acceso a la Liga de Campeones.
Ha jugado dos veces seguidas la Liga de Campeones y ha sido subcampeón de la Recopa de Europa. El 11 de septiembre de 2001 el Real Mallorca hace historia y disputa su primer partido de Liga de Campeones de la UEFA en el estadio de Son Moix (actualmente Iberostar Estadio) donde venció 1-0 al Arsenal Football Club con gol de Vicente Engonga de penalti. La temporada 2009-2010 empezó con la compra de Mateu Alemany del paquete accionarial de Vicente Grande, para posteriormente vendérselo a la familia Martí Mingarro. Los Martí Mingarro decidieron deshacer el acuerdo de venta el día 11 de octubre de 2009, devolviendo el club a Mateu Alemany. El día 5 de enero de 2000 la Federación de Historia y Estadísticas del Fútbol designa al R. C. D. Mallorca el octavo mejor equipo del mundo en el año 1999. El RCD Mallorca, entrenado por Luis Aragonés, consigue el tercer puesto en la Liga, con récord de puntuación en la historia del club, 66 puntos. La temporada 2004-2005 se había diseñado con Luis Aragonés en el banquillo, pero la dimisión de Iñaki Sáez le dio la oportunidad de dirigir a la Selección española de fútbol y en su lugar llegó Benito Floro.
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